O HPV tem a capacidade de estabelecer uma infecção latente, na qual nenhuma alteração é percebida ao exame médico, no preventivo ginecológico (Papanicolau) ou exames de sangue. Assim, é possível que uma pessoa apresente uma lesão pelo HPV sem que, necessariamente, soubesse que era portadora. Também, não é indicativo de que tenha havido uma contaminação recente. Isto pode ter acontecido no início da atividade sexual, o que parece ser o mais frequente. Preventivos negativos anteriores não excluem a presença do HPV já que estes exames detectam apenas lesões pelo HPV e não a presença do vírus propriamente dito. Ou seja, se o HPV está presente sem causar lesões, o preventivo será normal.