A recomendação atual do Ministério da Saúde/Instituto Nacional de Câncer - INCA (Diretrizes Brasileiras para o Rastreamento do Câncer do Colo do útero) é de que a colposcopia é recomendável em seguida a um preventivo mostrando lesão de alto grau, atipias de significado indeterminado em células escamosas não se podendo afastar lesão de alto grau (ASC-H, do equivalente em inglês), atipias de significado indeterminado em células glandulares ou câncer.

Quando a conclusão é de lesão de baixo grau, atipias de significado indeterminado em células escamosas possivelmente não neoplásicas (ASC-US, do equivalente em inglês) ou atipias de significado indeterminado em células escamosas sem especificação (ASCUS, do equivalente em inglês), a recomendação é de que o preventivo seja repetido em 6 a 12 meses, dependendo da idade, e, caso o resultado se repita ou piore, aí sim a paciente deve ser encaminhada para realização da colposcopia. Nessas situações, também existe a alternativa de fazer um teste de HPV: caso presentes tipos relacionados a câncer, a mulher pode realizar logo a colposcopia para esclarecer se há uma lesão pré-maligna.

Alguns médicos costumam encaminhar para colposcopia todas as pacientes com alguma dessas alterações do preventivo. Esta conduta tem a vantagem de logo concluir o diagnóstico, possibilitando a adoção de um tratamento, se for necessário, e reduzindo a ansiedade da espera. Apesar de, nesta conduta, serem feitos mais exames, alguns diagnósticos importantes não são deixados para depois e evitam a perda de seguimento (situação em que a paciente deixa de fazer o preventivo alguns meses depois e pode perder a oportunidade de fazer o diagnóstico e tratar alguma lesão mais relevante no tempo adequado). Também tranquiliza, nos casos em que concluímos que não há uma lesão maligna ou pré-maligna, mas muitas vezes não há doença e a colposcopia pode ter sido desnecessária. A conduta de indicar a colposcopia logo após o primeiro preventivo alterado ou postergar e somente indicar a colposcopia após um segundo exame alterado com intervalo mínimo de seis meses são defensáveis e devem ser indicadas conforme as expectativas de cada paciente numa base individual. Converse com seu médico assistente.

Uma importante exceção é para as jovens até 24 anos com uma dessas alterações menos relevantes (lesão de baixo grau ou ASC-US). Nessas mulheres, o recomendado é repetir o preventivo em três anos até completar 25 anos. O objetivo é retardar seu encaminhamento para colposcopia e procedimentos denecessários, já que é extremamente improvável que tenham alguma lesão relevante.

As recomendações do Ministério da Saúde de postergar o encaminhamento de mulheres com resultados de lesão de baixo grau ou ASC-US), também têm importantes vantagens: na maioria dessas mulheres há uma lesão de baixo grau, alterações subclínicas pelo HPV (que tendem a regredir mesmo sem tratamento), ou nenhuma alteração. Ao deixar de encaminhar para colposcopia, o médico assistente evita exames talvez desnecessários. Também permite que os serviços de colposcopia estejam mais disponíveis para receber mulheres com maior probabilidade de ter lesões de alto grau, atendendo-as mais rapidamente.

Já em situações em que a imunidade está seriamente comprometida, como pacientes infectadas pelo HIV ou em uso de imunossupressores (p.ex.: transplantadas, portadoras de doenças autoimunes), as lesões pré-malignas são mais frequentes. Nesta situação, a colposcopia estará indicada sempre que houver qualquer alteração não inflamatória do colo uterino. 

Alguns médicos também indicam a colposcopia para uma variedade de alterações independente do resultado do preventivo: na pesença de lesões visíveis a olho nu, pólipos, etc., ou, ainda, no seguimento após tratamento de lesões pré-malignas.

Não há indicação para a colposcopia para pesquisa de lesões relacionadas ao HPV sem que o preventivo ou o exame ginecológico esteja alterado.