Existem exames que utilizam técnicas de hibridização molecular, como a captura híbrida, e a PCR, que mostram a presença do DNA do HPV. São técnicas muito sensíveis e, quando negativos, quase asseguram a inexistência do HPV. Todavia, não pesquisam todos os tipos conhecidos de HPV e, como qualquer exame, está sujeito à falhas.

Mesmo quando não existem lesões visíveis ou quando o preventivo ginecológico está negativo, o HPV pode estar latente, isto é, sem produzir lesões. Pode acontecer de surgirem novas lesões no futuro e, caso isto aconteça, não quer dizer que houve uma nova contaminação.

Assim, essa informação não terá utilidade clínica e o mais prudente é manter a prevenção do câncer do colo uterino na periodicidade recomendada e usar a camisinha mesmo quando não existam evidências da presença do HPV.