O HPV é transmitido durante a relação sexual com alguém que esteja infectado mas, como depende apenas do contato com a pele, não é necessária a penetração para que haja contaminação. Assim, a transmissão também é possível na masturbação ou no contato genital externo. Esse fato pode explicar porque casais em que nenhum dos dois tiveram experiências sexuais prévias com penetração podem estar infectatos.

Não existem evidências de que toalhas, roupas íntimas ou assentos de vasos sanitários possam fazer esta transmissão.