As vacinas contra HPV são muito seguras: foram relatados menos de 1% de pacientes com efeitos indesejados, dos quais os mais frequentes foram febre, dor, vermelhidão e coceira locais.

Logo após sua introdução em larga escala no Brasil e em outros países, houve relatos de surgimento de doenças autoimunes e neurológicas após a aplicação da vacina. Até o momento não foi possível estabelecer uma relação clara entre essas doenças e a vacinação.

Dessa forma, os benefícios da vacinação contra o HPV superam enormemente os riscos e tem sido recomendada pela Organização Mundial da Saúde e pela maioria dos países onde está disponível.