Nos homens, as vacinas contra HPV os protegerão contra o câncer do pênis, ânus e reto e, no caso da vacina quadrivalente, distribuída no SUS, contra condilomas genitais.

Considerando a baixa incidência do câncer de pênis, o custo das vacinas parece superar em muito o possível beneficio para os homens. Todavia, a vacinação de meninos reduz a população de vírus e, assim, mulheres não vacinadas teriam menos probabilidade de contrair o HPV já que haverão menos homens infectados.