Pacientes imunossuprimidos como os infectados pelo HIV, transplantados ou portadores de doenças autoimunes em uso de imunossupressores têm maior probabilidade de apresentar doenças relacionadas ao HPV e de apresentarem lesões recorrentes mesmo após tratamentos adequados. Todavia, existem evidências limitadas sobre a eficácia das vacinas nessas pessoas. Apesar disso, tem sido recomendadas pelo provável benefício.