Alguns tratamentos podem ser extremamente agressivos ou produzir queimaduras em áreas sadias. Todavia, em certos casos em que as lesões são muito fáceis de localizar e, dependendo do medicamento indicado, é possível a auto-aplicação. Isto deve ser feito apenas após orientação e sob supervisão médicas.

Os medicamentos indicados para autoaplicação costumam ter poucos efeitos colaterais: imiquimode e podofilotoxina. Tem eficácia comprovada para o tratamento de condilomas (verrugas genitais), mas não têm resultados comprovados para outros tipos de lesões como as microscópicas, planas ou pré-malignas (neoplasias intraepiteliais graus II e III).

Apesar de apresentarem a grande vantagem da autoaplicação, podem implicam em longos períodos de uso, principalmente no caso do imiquimode que, devido ao seu alto custo e falta de comprovação de que é mais eficaz do que outras formas de tratamento, limitam seu uso.