Alguns médicos utilizam esses medicamentos no tratamento da infecção pelo HPV. Exceto pelo interferon, não existem evidências científicas consistentes de sua eficácia e, no caso do 5-fluoruracil, pode produzir úlceras na região tratada. O uso dos demais pode ser inócuo, representar gastos desnecessários e, caso presentes lesões pré malignas, pode adiar o tratamento adequado. Existem algumas evidências de que o interferon, quando usado juntamente com algumas outras formas de tratamento, pode diminuir a frequência de retorno de lesões. Seus efeitos colaterais, aliados ao alto custo e incerteza quanto à sua eficácia limitam seriamente seu uso.