Existem vários tratamentos para condilomas (lesões visíveis, verrugas genitais).

Alguns estudos têm mostrado que os tratamentos mais comuns têm a mesma eficácia, tanto em homens quanto em mulheres, fazendo desaparecer os condilomas, e as mesmas limitações em garantir que as lesões não voltem a aparecer. Assim, a escolha de qual tratamento para os condilomas deve ser discutida entre médico e paciente. Algumas obrigarão repetidas visitas ao médico, o que pode ser oneroso. Neste caso medicamentos que permitem a autoaplicação são mais indicados. Todavia, lesões em áreas úmidas normalmente precisam ser tratadas pelo médico em consultório. Também, o uso de medicamentos pela própria paciente pode implicar em maiores custos.

Entre os tratamentos utilizados pelos médicos, podem ser uma simples aplicação de uma substância química (podofilina ou ácido tricloroacético) ou até a sua cauterização com bisturi elétrico ou retirada cirúrgica. Normalmente lesões únicas ou em pequeno número são tratadas com substâncias químicas. Já lesões extensas ou múltiplas podem ser mais eficazmente tratadas pela cauterização ou retiradas cirúrgicamente. Em algumas situações, os médicos podem preferir a combinação de métodos, começando com um mais simples e tratando mais agressivamente as lesões mais resistentes. Já os tratamentos que a própria paciente pode aplicar incluem a podofilotoxina e o imiquimod. Ambos têm alta eficácia, mas diferem muito no preço.

Não existe muita discussão quanto à necessidade de tratar os condilomas: incomodam visualmente e podem produzir sintomas. Já quanto a tratar as lesões muito pequenas ou planas, existe alguma controvérsia. A maioria dos pesquisadores recomenda tratar apenas quando está presente uma lesão pré-maligna do colo, vagina, vulva ou pênis (lesões de alto grau ou neoplasias intraepiteliais de graus II ou III).

Em algumas situações, lesões menos relevantes também podem ser tratadas, mas esta é uma decisão de exceção. Esta recomendação está baseada na baixíssima probabilidade de progressão das lesões de baixo grau (neoplasias intraepiteliais de grau I) para o câncer cervical. Ainda assim, quando existe alguma progressão, esta não se dá diretamente para o câncer, mas para uma lesão de alto grau, facilmente detectada e tratada se a paciente mantém seu seguimento com o médico assistente.

Quando não existem lesões, a infecção pelo HPV não tem tratamento específico, pois não existe um medicamento específico contra este vírus.

Ressaltamos que os tratamentos podem eliminar as lesões visíveis, mas alguns vírus poderão permanecer nas vizinhanças. Estes vírus podem permanecer num estado latente e podem causar o desenvolvimento de novas lesões no futuro. Assim, nenhum tratamento garante a cura total e o não aparecimento de novas lesões. Uma pessoa tratada deve procurar seu médico sempre que desconfiar que novas lesões apareceram.

Outro fato a considerar é que não existem evidências consistentes de que um casal em que ambos estejam contaminados pelo HPV se beneficiará da abstinência sexual ou uso de camisinha após o tratamento exclusivamente com a finalidade de evitar o surgimento de novas lesões. O uso da camisinha será útil para prevenir novas infecções sexualmente transmissíveis.