A forma mais frequente de transmissão do HPV é a sexual.

Também pode haver transmissão vertical (durante o parto normal) e, menos frequentemente, por contato direto com material contaminado.

Não está comprovada a possibilidade de contaminação através do vaso sanitário, piscina, toalhas ou pelo compartilhamento de roupas íntimas, embora esta não seja uma prática recomendável já que outras doenças podem ser transmitidas desta forma.

A transmissão oral e pelas mãos também é possível, embora não saibamos qual é a probabilidade de contaminação nem sua capacidade de provocar uma infecção.

Vários pesquisadores sugerem que a infecção começa pela camada mais profunda da pele que cobre a vulva, vagina e colo do útero. Assim, a transmissão que tem mais probabilidade de estabelecer infecção é a sexual, na qual ocorrem microtraumatismos na pele, expondo suas camadas mais profundas e possibilitando a incorporação do HPV.

Como a infecção pelo HPV é muito frequente, a maioria das pessoas tem contato com este vírus logo no início de sua vida sexual. Na maioria das pessoas ele estabelecerá uma infecção transitória e desaparecerá sem deixar vestígios. Durante esse período e após a infecção, o preventivo geralmente é normal.

Numa minoria de pessoas, ele poderá estabelecer uma infecção persistente e este seria o principal fator para desenvolvimento de uma lesão pré-maligna. Quando isso ocorre o preventivo costuma sugerir a presença de alguma lesão que, se detectada e tratada não progredirá para o câncer.

Assim, o diagnóstico da presença do HPV não garante que a infecção seja recente, mesmo com preventivos negativos anteriores. Da mesma forma, sua presença não indica que uma lesão se desenvolverá. Estas mulheres devem manter a prevenção do câncer do colo do útero como as demais mulheres: a cada três anos após dois exames negativos com intervalo de um ano, entre 25 e 64 anos.