A maior parte das infecções pelo HPV não produz lesões visíveis , o que chamamos de infecção latente, ou apresenta-se sob a forma de lesões microscópicas, não visíveis num exame comum, que chamamos de sub-clínicas.

Infelizmente, quando não vemos lesões, não é possível garantir que o HPV não está presente, mas apenas de que não está produzindo doença.

Na situação descrita, é muito provável que seu parceiro tenha tido lesões não percebidas, tenha lhe contaminado e, depois, tenha se livrado das lesões. Também é possível que ainda tenha lesões que, pelo fato de serem muito pequenas, não foram percebidas pelo médico que o examinou.

Mesmo com exames mais detalhados (como a peniscopia ou teste de HPV) não é possivel afirmar, com segurança, de que ele não é, ou foi, portador de HPV.