O câncer mais frequente associado ao HPV é o do colo do útero. O câncer em outros locais é menos frequente, o que dificulta seu estudo. Todavia, existem evidências da associação do HPV às lesões pré malignas e alguns tipos de câncer de vagina, vulva, ânus, pênis, boca e garganta.

Como são doenças infrequentes ou mesmo raras, devem ser procuradas apenas se houver indício ou possibilidade de lesão nestes locais. No caso da vagina, o próprio preventivo ginecológico (Papanicolaou) pode sugerir a existência de lesões. No caso de vulva (a parte externa da vagina) e região perianal (que circunda o ânus), podem ser observados durante o exame médico comum, ginecológico, urológico ou proctológico. No caso do interior do ânus (canal anal), caso haja sexo anal desprotegido existe a possibilidade de lesões internas, que pode ser detectadas num exame proctológico.

Nos demais locais, estas lesões são muito raras. No caso do pênis, são frequentemente externas e facilmente percebidas pelo paciente. No caso da boca ou garganta, qualquer lesão será facilmente percebida pela sensibilidade do local ou através de sintomas que farão o paciente procurar o médico.