A maioria das evidências que relacionam o HPV ao câncer referem-se ao colo uterino. Quanto ao câncer em outros locais, como são doenças muito menos frequentes, existem menos estudos. Já está documentada a presença do HPV em lesões pré cancerosas e cancerosas do pênis mas, devido à sua raridade, não conhecemos sua história natural. Isto quer dizer que não conhecemos qual a chance de um portador de HPV vir a desenvolver um câncer de pênis.

Apesar desta limitação, pela relativa frequência de condilomas em pênis e pela infrequência do câncer de pênis, é possível deduzir que, assim como no colo do útero, são necessárias outras condições associadas para que o vírus produza alguma lesão mais grave. Como o câncer do pênis é muito menos frequente que o de colo, é provável que o pênis seja bem menos sujeito a esta doença.

Outro fator atenuante é que, ao contrário do colo e vagina, as lesões no pênis são, na maioria das vezes, externas e facilmente percebidas pelo próprio paciente. Qualquer verruga ou "sinal" que antes não era percebido deve ser examinado pelo médico e, às vezes, biopsiado.

Outro aspecto é que, como as lesões malignas relacionadas ao HPV têm evolução lenta, passando antes por uma fase pré maligna, caso inicie-se um progressão de alguma lesão para malignidade, será possível identificá-la e tratá-la, evitando o câncer.