Um portador do HIV pode apresentar lesões pelo HPV em qualquer fase de sua doença, mas é mais frequente quando já existe algum grau de imunocomprometimento. Nessas pessoas também são mais comuns as lesões pré malignas relacionadas ao HPV: as neoplasias intraepiteliais (displasias) do colo do útero e, menos frequentemente, da vagina, vulva e ânus.

O tratamento destas lesões nos portadores do HIV é idêntico ao dos não portadores mas o seguimento pós tratamento é mais rigoroso devido à maior frequência de recorrência de lesões.